El C.F.S. Femenino San Fernando nace en 2000, con el propósito de facilitar la práctica deportiva del deporte del fútbol sala a las niñas del municipio de San Fernando de Henares. Con el transcurso de los años, aprovechando el aumento de la popularidad del fútbol sala a nivel nacional por un lado, y el cada día mayor acercamiento de la juventud femenina a la práctica del deporte en cualquiera de sus variedades, el club va creciendo de forma progresiva.

La dirección del club y sus técnicos, en estrecha colaboración con la Concejalía de Deportes de San Fernando de Henares, han realizado en la última década un importante esfuerzo en todos los aspectos con el propósito de que el municipio tuviera su representación en la región.

Estos 17 años de esfuerzos se ven recompensados hoy con un club sólido, y bien estructurado, que ha pasado a convertirse en una referencia clara en el ámbito del Corredor del Henares. Con equipos desde categoría Alevín hasta categoría Senior, el C.F.S. Femenino San Fernando permite que sus jugadoras puedan disfrutar del deporte del fútbol sala en cualquier edad.

En la actualidad (temporada 2017 – 2018) el club dispone de 8 equipos y con más de 100 jugadoras:

1 Equipo de categoría senior de 2ª División Nacional

1 Equipo de categoría senior de 1º Regional

1 Equipo de categoría senior de 2º Regional

1 Equipo de categoría juvenil

1 Equipo de categoría cadete

2 Equipos de categoría infantil 

1 Equipos de categoría alevín